教育是文化傳承相當重要的一環，自1980年代開始，簡上仁就努力不懈地從「學校」與「社會」兩個場域，來進行鄉土音樂文化的教育扎根工作。
1990年，簡上仁自國立台灣師範大學音樂研究所畢業後，就積極找尋進入大學校園授課的機會。簡上仁一直不是專任老師，但他甘之如飴。他認為兼任教師，可以不受專任教師種種規定的約束，反而可在南北各地，於不同學校開設課程，以達到更廣泛的傳承效益。
這些年來，簡上仁陸續在逢甲大學、靜宜大學、台東大學、長庚醫學院、台南大學、台北教育大學、台北市立教育大學、台中教育大學、輔仁大學、世新大學、新竹教育大學、交通大學、清華大學與台北藝術大學等十餘所大學的大學部與研究所，開設與台灣音樂文化相關的課程，希望能讓更多學生接觸並認識台灣音樂文化。其中以在清華大學授課的年數最長，自1993年8月至2024年1月，共30年之久。迄今，則仍持續在台北藝術大學開設課程。
簡上仁在各大學開設的課程，在大學部方面主要有：《台灣民謠與文化》、《台灣歌謠發展史》、《台灣兒歌的賞析與創作》、《台灣民間音樂與戲曲》、《台灣歌謠發展史》及《台語文學》等。在研究所方面，則有：《民族音樂學》、《台灣福佬系民歌研究》、《音樂田野調查的理論與實務》、《社會音樂學》、《台灣音樂發展史》、《河洛歌謠研究》、《鄉土音樂與音樂教育專題》、《兒歌研究》、《台灣俗諺歌謠與文化》及《音樂與語言專題研究》等。每一門課程的教材都由簡上仁自行編寫，由於授課方式生動活潑，內容豐富，又具啓發性，頗受學生喜歡和敬重。
上課的過程，簡上仁以深入淺出、邊說邊唱的方式，除了讓學生增長鄉土音樂知識，也現場演唱及鼓勵學生參與，讓學生直接進入鄉土音樂的世界，感受台灣歌謠之美。簡上仁經常鼓勵學生多發言，以清楚學生的學習效益，並視實際需求補充相關知識。此外，有時他也會視情況實施「校外教學」，讓學生直接與民間藝人面對面接觸，體驗庶民生活與藝術文化的密切關係。如此兼顧理論、知識與實務等多層面的教學方法，不但能引起學生的高度興趣，也能傳達正確的音樂文化概念，讓學生更深入了解台灣歌謠的特質。
簡上仁奔波於各大學，目的在於將台灣音樂文化的意義和價值，傳播給不同學校的年輕學子。尤其，他特別選在師資培育及大眾傳播的大學開授課程，希望能將傳承的任務交棒給這些未來在職場上的老師及專業者，讓傳統音樂文化得以在基礎教育和社會教育中生根成長。
2002年，簡上仁榮獲「國立清華大學傑出教學獎」，是清大第一位以兼任身份獲獎的老師，可見其認真的教學態度及紮實的課程內容是深獲好評與肯定的。
簡上仁認為經由「研習活動」，培養社會人才共同參與傳承工作，是維護與發揚台灣鄉土音樂文化，最直接而有效的方法。因此，他除了積極應公私立機關團體之邀，參與研習活動，設計課程，擔任講師；自己也不斷籌辦有規劃、有系統的台灣鄉土歌謠的研習活動與課程。
簡上仁應邀擔任講唱的研習地點，涵蓋台灣的北、中、南及東部各地，講次無數。通常，他會配合邀請單位的需求設計講題：如由吳三連台灣史料基金會主辦的「新台史研習營」，講題為「台灣歌謠的歷史軌跡」；由國立台灣師大主辦的「鄉土語言種子教師培訓」，主題為「童詩與歌謠創作」及「台灣的說唱」；由司法行政部主辦的「司法人員訓練活動」，講的是「台灣民謠的生命力」與「台灣歌謠與文化」；由台北縣政府主辦的「本土語言教學師資班研習」，主題是「唱童謠學台語聲調」等。此外，簡上仁也應邀在台北市公務人員訓練中心、台北市教師研習中心、國父紀念館、文化基金會、民間團體及全台各級學校等公私立單位的研習活動，講授台灣音樂課程。就因為他的課程內容豐實、授課方式生動，頗受主辦單位的認同，也深獲學員喜愛。
另外值得一提的是，簡上仁認為一首歌的創作，必需具有本土文化特色，才有長久的生命力。因此他秉持著「在地主義」的理念，在台灣各地進行有系统、有規劃的寫作扎根教學計劃，鼓勵當地人以當地的風土民情、歷史事蹟、地理景觀、人物傳奇或心情感受，來創作富有本土風味的歌曲，肯定自己的文化與鄉土。自1997年，他從台東縣立文化中心的「播下音樂的種籽」研習活動出發；尤其是從2009年起，配合「文化部媒合演藝團隊進駐演藝場所合作計畫」，簡上仁在高雄、台南、雲林及嘉義等南台灣各地，依班級程度的難易，開設基礎、初級、中級、高級及精進等「台灣風歌曲創作班」，循序漸進地指導學員創作具有本土風格及在地特色的歌曲。一直到2018年，簡上仁已在各地舉辦近百個班次，培育千餘位創作人才。
透過簡上仁的努力及學員的積極參與，他們從台灣傳統音樂中擷取精髓和元素，創作出具有時代意義與在地特質的作品，為當下社會留下彌足珍貴的記錄。