1956年，地質學者林朝棨教授在屏鵝公路拓寬延伸工程中意外發現石板棺，確認為史前考古遺址（原稱鵝鑾鼻遺址），成為恆春半島鵝鑾鼻第一遺址發掘的起點。1966年宋文薰教授進行首次考古發掘，1980年代李光周教授研究調查確立了恆春半島的史前文化層序，可追溯至五千年前舊石器時代晚期延續型文化，並橫跨至新石器時代文化乃至晚近的原住民舊社文化。

2017年鵝鑾鼻公園停車場改建中，意外發現大量陶器、玉石器、貝器、石板棺人骨、動植物生態遺留。墾管處依《文資法》停工，並委託清大人類所李匡悌教授和邱鴻霖副教授，進行搶救考古發掘。此次發掘中出土距今4200至3800年前的51座墓葬，反映出史前社會的價值觀、階級與信仰，更發現大量貝器且各製程產物與加工工具俱全，推測是一處大規模的史前貝器加工場，顯示鵝鑾鼻人群擁有獨特貝器工藝技術，例如夜光蠑螺加工的鑽截技術（Drill cutting）。

這是臺灣目前唯一的史前貝器加工場，同時也是出土海洋生態遺留與漁獵工具最為豐富的史前考古遺址。出土各類貝器（魚鉤、貝錛、貝珠）的類型對史前時代的貝器工藝技術和海洋資源利用的認識提供重要材料，也透露出史前臺灣與大洋洲島嶼族群間密切關係的重要線索。

十七世紀初，荷蘭人和西班牙人分別佔領臺灣西南部和北部海岸地帶。然而，有關荷西拓殖史的研究，以往僅限於文獻檔案，相關的考古學研究十分稀少。

2011年至2013年由鮑曉鷗教授與臧振華教授等人所主持的國科會「從文藝復興到新石器時代─基隆的西班牙城堡及早期南島語族與史前環境」研究計畫，在和平島和一路停車場進行考古試掘，發現了和平島B考古遺址，除了出土史前和近代的文物之外，也出土疑似西班牙人所建諸聖教堂（La Iglesia de Todos los Santos）的一角，北臺灣的大航海時代考古得以進入新的階段。

此後，承蔣經國國際學術交流基金會的支持，由臧振華和西班牙考古學家Maria Cruz Berrocal 所帶領的臺灣和西班牙考古團隊，於2014至2016年間年擴大考古發掘範圍。2019年，基隆市政府執行「大基隆歷史場景再現整合計畫」，委託清大臧振華和謝艾倫繼續進行發掘，進一步釐清諸聖教堂的基礎形制，尤其是和平島Ｃ考古遺址的新發現，揭露了大航海時代前後島上原住民的文化內涵，甚是可貴。

直至2023年底，出土文物除教堂及結構與墓葬群外，各文化層的發現呈現出和平島自新石器時代至日治時期海洋交易網絡的長時期變遷，為北臺灣的「海之道」留下重要註腳。