秀姑巒溪河口鰕虎幼魚、螃蟹幼苗上溯數量豐富。
是臺灣極少數沒有太多人工構造物的溪流，天然的環境極為優越，生物資源又非常豐沛，是研究洄游生物的寶庫。
一開始曾晴賢教授研究團隊密集進行各種生物(魚、蝦、蟹類)的分類和生態研究。不僅研究各種生態的季節變化，甚至做到逐日和日夜週期的變化研究，工作強度可說是絕無僅有。當時因為生態的精彩程度，讓學生們樂於每個星期五下課後搭夜車前往花蓮瑞穗，再翻山去東海岸，緊接著馬不停蹄地在河邊做24小時的調查工作，完畢之後又再度搭星期日下午的火車，千里迢迢回學校上課。也因為有如此優秀和不辭辛勞學生們的努力，研究團隊打下了探索臺灣河川洄游生物生態最重要的基礎。
魚的頭部左右兩側內耳的三對耳石，在一般的顯微鏡下也可以看到年輪，如果用電子顯微鏡更可以看到「日輪」!曾晴賢教授說:「魚類比我們還勤於寫日記。」我們可以從這些資訊中，得知生物的作息飲食，並推測牠們經歷過的環境。
在秀姑巒溪河口研究當中，除了傳統的生態調查，了解不同季節和週期的生物洄游習性和生物資源研究之外，也運用魚類特有的耳石微化學構造的分析技術，更深入了解過去很難深知的各種魚類生活史。
養殖鰻魚成為新興產業，大尾鱸鰻對抗外來種魚類的入侵
淡水鰻為河海洄游性的魚類，牠們一生大部分都生活在淡水中，但是成熟後得要降海到出生的大洋深海中去繁殖，鰻苗再千里迢迢洄游進入河川中長大。每到冬季，臺灣漁民都聚集在沿岸的河流出海口，利用網具捕撈白鰻的鰻苗供養殖之用。
但是曾晴賢教授研究團隊發現鱸鰻鰻苗除了在冬季會跟白鰻鰻苗一起洄游到臺灣沿海之外，在夏季裡還有更多的洄游數量，只可惜因為過往鱸鰻的養殖技術較差，所以真正能回到河川的大鰻魚數量很少，因此會被誤以為鱸鰻是珍貴稀有的物種。
研究團隊重要的貢獻之一，是先瞭解鰻魚在全世界分佈的範圍，評估鰻魚的資源有多少?
在花蓮漁民的協助之下，耗費多年時間克服鰻苗養殖問題，已經成功將小鰻魚養成壯碩無比的大鱸鰻了!
有了鱸鰻的養殖技術後，再將小鰻苗養到適當大小，放到河川中上游或水庫裡面，讓牠繼續成長，對河川生態系統的穩定有相當大的幫助，可以捕食越來越猖狂的外來入侵種魚蝦。近年來臺灣水產界在鱸鰻的養殖技術日漸成熟，也知道鱸鰻的高營養價值，使得養殖鱸鰻成為新興產業。
曾晴賢教授完成全世界第一個魚類粒線體基因組的定序，協助臺灣鰻魚養殖產業，解決困擾多年的商業混戰。當時有不肖商人從歐美等地進口低價的鰻苗，混成高價的白鰻鰻苗。
兩種鰻苗價差高達幾十倍，因為外觀極為相似無法辨識，混充的鰻苗在養殖過程中往往因為不適應漁民飼養方式，死亡率極高和成長緩慢等問題頻傳，造成漁民很大的困擾。
在曾晴賢教授研究團隊運用基因定序的技術，建立了全世界各種鰻魚的DNA資料庫，可以很準確的來辨別鰻苗的真假之後，商人魚目混珠的現象就消聲匿跡，解決了一場鰻魚養殖漁業的風波。
研究團隊所建立的DNA分析技術，也成功發現鰻魚新種，並以恩師黃秉乾院士DNA鑑定技術的指導有功之故，命名為黃氏鰻(Anguilla hungi Teng, Lin & Tzeng)。
更藉由這個技術解開了許多臺灣淡水魚類之謎：
