邁向卓越，清華十一學院
概說
1956年清華在台建校初期重點為發展原子科學，其後則擴展至理工方面，於1973年教育部來函，理學院、工學院與原子科學院正式成立。爾後清華更積極發展人文社會、生命科學、電機資訊與科技管理，分別於1984年成立人文社會學院、1992年成立生命科學院、1998年成立電機資訊學院、2000年成立科技管理學院。2015年8月共同教育委員會（成立於1995年，簡稱為共教會）經組織重整，蛻變為清華學院，致力於大學部全人教育之發展。2016年11月，清華與國立新竹教育大學合校，竹教大校區改稱「南大校區」，新增竹師教育學院與藝術學院，使清華成長為擁有10大學院的高等教育學府。2020年5月，清華與財團法人台北政經學院基金會簽約，將合作設立台北政經學院，成為本校的第10個學院（清華學院列為第11個學院）。
迄今各院在教學與研究方面皆能發揮所長與特色，課程設計兼顧彈性與整合，並十分重視跨院系之合作與聯繫，在全力建立優質教學環境以及不斷提昇教研品質的共識下，携手讓清華持續不斷地朝世界頂尖一流大學邁進。
理學院
擁有悠久歷史及優良傳統的理學院成立於1973年，沈君山校長為首任院長。1964年清華恢復大學部之際，除核工系外，陳可忠校長另邀請李新民教授與徐道寧教授成立數學系，1965年延攬李怡嚴教授、陳蔡鏡堂教授等優秀人才回台，籌設物理系，緊接著於1966年委由王松茂教授成立化學系。
理學院不僅在台灣的基礎研究與教學居於領導地位，而且具有相當良好的國際學術聲譽。許多畢業校友在國際學術界也有相當傑出的表現，例如1957年物理諾貝爾獎得主楊振寧院士、1986年化學諾貝爾獎得主李遠哲院士及哈佛大學比爾蓋茲講座孔祥重教授等。
1988年完工的新物理館，由李祖原建築師事務所建造。
理學院物理系張存續教授研究團隊，將運用在雷達技術的「旋轉接頭技術」，結合承德油脂用於微波生質柴油的「微波反應腔體技術」，研發出全球第一台「同軸旋轉式微波烘豆機」。（出自2020年10月19日首頁故事）
工學院
1972年石油供應短缺，導致物價飛漲，各國紛紛尋找替代能源，和提升能源效率的方案。感於國際情勢及社會需求的轉變，徐賢修校長邀請毛高文校長回國，主持大型的電動車計畫，發展替代能源計畫，同年成立工業化學、材料科學工程、動力機械工程等工學院領域系所。1973年經教育部核准，正式成立工學院，首任院長為毛高文校長。
工學院的設立標示著清華從「純學術研究」轉向「研究成果與實務應用結合」層面發展，讓清華進一步將教學研究重點擴大到產業社會實際的需求，也因此更強調跨領域的整合，以及學術與產業之間的合作。
由宗邁建築師事務所設計的工程一館，於1997年完工、1998年落成啟用，為工學院辦公室所在地。
以工學院動機系學生為主，結合物理、經濟、化工、科管等系學生的「清大賽車工廠」，在2021年7月16日發表第三代的電動方程式賽車，為國內第一輛四輪驅動的學生方程式電動賽車。（出自2020年7月16日首頁故事）
原子科學院
1956年成立的原子科學所，是清華在台建校的第一個教學單位，首任所長為「中國原子科學之父」孫觀漢教授。1964年核子工程系成立，與數學系並列為清華大學部最早成立的兩個系。1973年原子科學院成立，是國內唯一核能科技教學與研究的教育機構。
台灣近年大規模發展粒子輻射的癌症醫療，帶來對高階醫學物理師的需求。清華學生資質好，又有相關課程資源，是適合推展醫學物理人才培育的大學。原科院已設立醫學物理教育基金，發展醫學物理教育，承擔培養高階醫學物理師的責任。
由核子工程系第二屆畢業校友李偉德（NE69）捐資建造的「李存敏館-綠色低碳能源教學研究大樓」，於2016年04月24日落成啟用，為清華第六棟綠建築。
清華大學工科系、核工所、原科中心與台北榮總合作，利用清華水池式反應器（Tsing Hua Open Pool Reactor, THOR）為中子源，發展硼中子捕獲技術治療癌症（Boron Neutron Capture Therapy, BNCT, B10+n→α4+Li7 ）技術，用於頭頸癌與腦瘤的治療。
人文社會學院
清華原是以理工見長的大學，毛高文校長掌校期間，便積極推動人文社會學院與生命科學院的籌設，使清華邁向均衡發展的學府。1984年人文社會學院正式成立，首任院長為李亦園院士，是國內第一個綜合人文學科與社會科學的院級教學與研究單位。
成立的意義除容納人文學與社會科學兩方面的科系，並企圖藉此溝通人文學與社會科學的特殊發展，進而建立科際整合的學術傳統，促使清華人文學風的重塑與深耕。同時人社院亦積極建立與國外學界交流的暢通管道，以發展為國際間重要的漢學研究、台灣研究、中國研究、科技與社會、季風亞洲研究等學術機構。
1984年人文社會學院成立於紅樓，於1990年遷至相思湖旁的人社院館。由李祖原建築師所設計。
2019年人社院歷史研究所特聘講座教授黃一農院士，以結合大數據及傳統考據的「e考據」方法，證實爭議半世紀的8卷工藝書稿《廢藝齋集稿》，包括製作風箏及刻印之法，確為曹雪芹所作。（出自2019年7月23日首頁故事）
生命科學院
生命科學院設立之前，清華在生科領域已深耕多年。1973年，徐賢修校長力邀蛇毒蛋白專家楊振忠教授設立分子生物所，為全國首創。1992年生命科學院成立，率先為台灣高等教育創設研究生命分子與表徵機制的學院，首任院長為黃秉乾院士。2004年成立腦科學研究中心，首任主任為江安世院士。2015年設立生物資源保種研究中心，首任主任為李家維講座教授。
現代生命科學研究為結合數學、物理、化學等跨領域知識的科技整合之學科。近年更是發揮跨領域的優勢，配合國際醫學科技的革命，培育了大量生技產業創新創業高等人才，現正積極籌設醫學系與成立清華醫院。
1986年及1995年完工的生命科學一、二館，分別由彭蔭宣建築師與李義雄建築師所設計。
2015年設立的生物資源保種研究中心，位在生科院生命科學二館大廳及中庭，呈現生科院教授創新研發成果及特有收藏的玻璃櫥窗。（出自2015年6月5日首頁故事）
電機資訊學院
電機工程與資訊科學早期為工學、理學的重要研究領域。清華整合電機及資工二大領域的教學研究資源，於1998年成立電機資訊學院，首任院長為陳文村教授。其中課程資源的整合提供完整的學程訓練，學生可依其生涯規劃，在兩系開授的課程中，做進階完整的學程選擇。考上一系可跨越修讀兩系的彈性學程，對學生來說尤為一大福音。
同時清華得地利之便，緊鄰「工業技術研究院」、「新竹科學工業園區」，建構緊密的產－學－研鏈結，透過與產業界的產學交流、合作發展計畫，與高科技人才的培訓，奠定學術與實務並重的發展目標，成為推動台灣高科技產業發展的重要助力。
台達館位於紅樓舊址，於2011年落成啟用。提供電資學院、材料系及奈微所等單位共同使用。外觀設計，除保留「清華紅樓」的原始意象，更以「兼重人文藝術與科技」為主要訴求。
電資院資工系吳尚鴻副教授、電機系劉奕汶副教授、通訊工程研究所張正尚講座教授帶領團隊開發AI廣告生成技術。（出自2020年1月20日首頁故事）
科技管理學院
一向以理工見長的清華，在90年代開始構思成立管理學院，以「科技管理」為核心，作為清華與產業之間的橋梁，以及科技管理的研究重鎮。2000年10月，科技管理學院正式成立，由王國明教授擔任首任院長。同年台積電張忠謀董事長捐款1.5億元興建科管院大樓，於2008年完工，命名為「台積館」，為本校首棟以企業名稱命名的大樓。
科管院為全國首創以「科技管理」為教學研究重點的學院，結合清華原有的理工基礎，發展跨科技領域的管理課程與研究，以培育具經濟知識基礎之科管、科法及財金等專業人才為目標。並積極發展「服務科學」學術領域，致力於台灣服務創新轉型。
台積館於2008年4月落成啟用，由姚仁喜建築師所設計，現為科技管理學院使用，並設有孫運璿演講廳。建築入口採挑高與長階梯的設計，上有藝術家蔡政維「媒嫁科技」的公共藝術作品。
2020年9月19日科管院20周年院慶大會典禮。
竹師教育學院
竹師教育學院成立於2016年11月1日，是原清華教育相關系所及師資與原國立新竹教育大學整合後的新設學院，是台灣唯一擁有K-12完整師資培育課程之頂尖大學教育學院。學院目標為創建教育科學新知識、新理論、新策略；成為具清華特色的師資培育、教育與學習知識重鎮；並開創教育新產業，以及對社會提供多元服務的教育中心。
竹師教育學院最早發展歷史，可追溯於1940年創校的台灣總督府新竹師範學校，爾後經歷師範專科、師範學院到教育大學，見證了台灣小學師資培育政策與制度的演進轉變。故學院特別保有「竹師」二字，乃是傳承其為培育台灣師資重要推手的歷史意義。
教育學院新大樓座落在鄰近南校門的寶山路側，動土典禮於2020年9月30日舉行，未來竹師教育學院兩千多名師生將由南大校區遷入校本部上課。（出自2020年9月30日首頁故事）
竹師教育學院推動「清華STEAM學校」聯盟，受到國際肯定。於2019年與新加坡的公幼系統「My First Skool」簽約，將在星國東北部的新設幼兒園研發在地化的教材並培育師資。（出自2019年07月19日首頁故事）
藝術學院
藝術學院的前身為2005年成立的「國立新竹教育大學人文社會與藝術學院」，2016年11月與清華合併後改稱藝術學院，設有藝術與設計學系、音樂學系以及藝術學院學士班。其中藝術與設計學系的前身為「美勞教育學糸」，培養國小美勞教育師資，至今仍著重於身教、言教人才的培養。
藝術學院學士班為合併後所創，主要為科技藝術的領域。音樂學系則由國內知名男高音暨音樂教育家楊兆禎教授規劃設立，除課程設計豐富多元、紮實創新之外，亦著重跨領域的合作與國際學術交流。藝術學院秉持著「美學博雅、創藝美緻」的美育精神，期能成為台灣「藝術領航者」與「藝術跨域工作者」。
藝術學院未來建築意象圖。
清華大學2020年首次以「Tsing Hua Garden」參加全球最大的科技藝術節 － 奧地利林茲的國際電子藝術節（ARS Electronica）國際參展展區，展覽內容包含「春苦秋實（第15屆KT科技藝術展）」、「含苞待放（清華校內學生展覽）」、「360 Garden View」。
台北政經學院
為培育以亞洲為重心的國際政治經濟與公共事務領袖人才，財團法人台北政經學院基金會2020年05月08日與清華正式簽約，合作設立台北政經學院（Taipei School of Economics and Political Science, TSE），成為本校的第10個學院。
台北政經學院之運作以學院為核心，採取彈性、多領域並進、國際化接軌的教學研究方式，冀能跨越現有教育體制的藩籬，透過跨領域結合、因應時事調整、結合永續發展的治理願景，培養頂尖永續領導（Sustainability Leadership）人才。預計招收百分之七十以上名額的國際生，並採全英語授課，未來畢業生將獲頒本校博碩士學位證書。
台北政經學院初期將於校本部的創新育成大樓上課，未來亦將使用台北月涵堂作為上課據點。
台北政經學院基金會黃煌雄董事長（右）與本校賀陳弘校長（左），在教育部潘文忠部長見證下簽約，合作設立台北政經學院。（出自2020年05月08日首頁故事）
清華學院
早期大專院校學生必須修習軍訓、護理、中國通史、三民主義等共同必修科目。1982年毛高文校長為共同必修課程設置一個經費獨立的單位「共同學科」，於1984年人社院成立後，改隸於人社院。1989年，共同學科改名「通識教育中心」。1994年《大學法》修訂通過，大學課程自主，沈君山校長以「教育人成為完整的人」為目標，成立學院級組織—共同教育委員會（簡稱共教會），是台灣高等教育界首創，首任主委為萬其超教授。
2015年8月共教會更名為清華學院，首任院長為前副校長周懷樸教授，為國內第一個提供大學部學生跨專業領域之「共同通識課程」的學院層級組織。
教育館完工於1973年4月，原為工程一館，供工學院各系使用。後陸續有系所遷出到新建館舍。目前供清華學院使用。
2020年的全國大專校院運動會表現亮眼，榮獲20金14銀18銅佳績，刷新校史、創下全大運得牌新紀錄。